Kada se koristi bilo koji antimikrobni lijek, obično dolazi do supresije dijela normalne bakterijske flore pacijenta koja je osjetljiva na lijek. Često to ne uzrokuje nikakve štetne učinke, ali ponekad se organizam otporan na lijekove, oslobođen konkurencije, razmnoži do mjere koja omogućuje uspostavljanje infekcije. Glavni organizmi odgovorni su Candida albicans i pseudomonade. No, bitna je pažljiva klinička procjena pacijenta, jer sama prisutnost takvih organizama u dijagnostičkim uzorcima uzetim s mjesta na kojem bi mogli biti prisutni ne znači nužno da uzrokuju bolest.
Kolitis povezan s antibioticima (ili sa Clostridium difficile)
Ovo je primjer superinfekcije. Uzrokovana je promjenom normalne crijevne flore, što omogućuje razmnožavanje Clostridium difficile koja oslobađa nekoliko toksina koji oštećuju sluznicu crijeva i potiču izlučivanje tekućine. Gotovo svaki antimikrobik može izazvati ovo stanje, ali lijekovi o kojima se danas najčešće govori su cefalosporini i kinoloni (npr. ciprofloksacin).
Poprima oblik akutnog kolitisa (pseudomembranozni kolitis) s proljevastom stolicom koja sadrži krv ili sluz, bolovima u trbuhu, leukocitozom i dehidracijom.
Historija uzimanja antibiotika u prethodna 3 tjedna, čak i ako je terapija lijekovima prekinuta, trebala bi upozoriti liječnika na dijagnozu koja se potvrđuje otkrivanjem toksina C. difficile u stolici i tipičnim pojavama na proktosigmoidoskopiji.
Blagi slučajevi obično reagiraju na prekid uzimanja protumikrobnog lijeka, što omogućuje ponovnu uspostavu pacijentove normalne crijevne flore, ali teži slučajevi se tretiraju oralnim metronidazolom.
Neki sojevi su povezani sa posebno teškom bolešću i uzrokovali su velike epidemije u bolnicama – za najteže slučajeve potrebna je kombinirana terapija oralnim vankomicinom i parenteralnim metronidazolom uz potporu intenzivnoj njezi.
Druge terapijske i preventivne mjere nedokazane učinkovitosti uključuju intrakolonsku instilaciju vankomicina, intravenski imunoglobulin i oralne probiotike.
Također se procjenjuju različiti ispitivani antibiotici, kao što su rifaksimin i fidaksomicin (inhibitor RNA polimeraze), te nekoliko oralnih lijekova, a koji mogu vezati i inaktivirati fekalni toksin.